内部利益协调难
企业内部各分子公司或部门利益协调问题，也是物流信息化前进路上的阻碍。
例如，国内某著名食品集团，其业务规模庞大，下属有生产制造、零售、第三方物流、包装等多种业务。总部了解到统一的信息系统对企业经营的益处，便责成IT部门对整体的信息化战略统筹思考和部署。
几年前，该集团准备在集团内部的某生产制造部门部署WMS（仓库管理系统）。选择的软件产品及服务商，早已在集团的其他事业部进行过成功的部署，同时，集团总部IT部门也已做好充分准备，本可成功上线。不料，被选中作为该项目首先实施的生产制造部门中业务最大、最复杂的一家工厂，对信息系统的实施有严重的抵制心理。
于是，实施过程中出现了方方面面的问题。一是该工厂对安排其整理提供的基础数据，现场需求的提供严重敷衍、拖延；二是实施过程中任意变更需求，稍不满足即停止项目实施；三是不保障项目关键用户的参与，在项目实施过程中任意变更项目参与人员；四是不按系统设计的工作流程操作，坚持按原有操作流程操作，导致控制点数据无法进入系统；五是拒不承担总部要求其在项目中应承担的费用。其结果可想而知，此项目无法在该工厂正常上线。
为继续推进项目，总部IT人员和服务商变更了实施地点，在其他工厂率先上线。即使这样，该工厂仍不愿使用该系统，企业整体信息化战略便难以统一实施，预期效果不佳。
正是利益未充分协调到位和均衡处置，加之其他因素干扰，企业有时不能坚持最初整体的、长期战略，因陋就简，后期实施和落地的物流信息系统不能达到预期目标。
由于这些致使脱节问题长期存在，企业则无法避免地出现盲目反应。一则不从实际需求出发，过分强调企业特殊性、个性化；不顾是否具备条件，坚持自行开发系统；由于脱节，企业无法明确各部责任，导致系统设计落后，开发拖延，项目管理混乱。二则一味要求模仿标杆，效仿其它企业相同的系统，不结合自身战略目的，也不能正确描述需求，导致服务商一知半解，生搬硬套，终导致系统实施失败。三是企业选择系统，过分敏感价格，为降成本，削足适履，即便系统上线也无法实现预期战略目标。当然，也有另一种极端，企业只选价格贵的信息化产品，迷信大公司、大系统，模糊了自身定位，将过多精力置于与需求无关的内容上，即便该内容的确很先进。
此外，值得注意的是，在物流信息系统部署时，企业没有很好的计划性和时效性，立项、选型、商务谈判等过程，实施起来动辄数年，加有任意停摆的可能，项目上线时间则可无限拖延。如企业业务模式（比如新兴产业）变化迅速，这样的实施进程还会贻误商机，此信息系统或可能成为企业运营的累赘。
