目前，与支付宝合作的医院的医疗服务只能自费，尚无法直接获得医保的支付。这使得医保患者无法直接通过移动获得医保的支付，增加了一定的障碍。

　　但医保部门也有自己的考虑。有业内人士向21世纪经济报道记者透露，他们在同地方医保部门沟通时感到，资金安全和系统稳定是医保部门的主要关切点。

　　由于实行移动服务的公立医院数量仍然较少，每个城市大多数时候只有一两家医院实行。而一旦系统出现问题，则很有可能影响到整个医保统筹覆盖范围内的患者就医报销。这样的风险是医保部门不愿意承担的。

　　对大多数互联医疗概念的公司而言，社保都处于尚未打通的范围。绕道而行或寻求不同合作对象成为突围之举。如发展同商业保险公司的合作，或者寻求同那些报销比例低、自付意愿强的专科医院合作等。

　　而支付宝在未来医院计划中，还尝试了更为灵活的付费方式。

　　在与上海第一妇婴医院的合作中，支付宝尝试了预授权的支付方式，即使用医保的患者，在使用支付宝钱包挂号之后，医院会冻结该支付宝账号一定额度的费用。就诊过程中，需要使用医保结算时，患者可以在医生的工作台刷医保卡或社保卡，扣除医保结算的费用，剩余费用同步在冻结额度中扣除。如果冻结余额不足，会自动推送消息提醒患者追加冻结额度。就诊完成后，医院对剩余部分解冻。

　　在与北京友谊医院的合作中，支付宝则尝试了另外一种支付方式，即医保患者可在就医结束后且当日门诊结束前，前往医院自助机进行医保结算。结算完成后，医院将患者当天就医的医疗费用当中属于医保报销的部分而患者已经使用支付宝支付的款项，退还给患者的支付宝账户或银行卡中。

　　但即便如此，争取获得来自医保部门支付的接口，仍然是支付宝下一个阶段的重点之一。“我们相信，随着形势的变化，医保部门也会逐渐改变原来的态度。”张建钢说。

　　此外，在进行“未来医院”计划推广时，不同医院信息化水平的参差不齐也是支付宝遇到的主要障碍之一。有时候只能等到医院的信息系统升级之后，才能接入支付宝的运营平台。这一定程度上延长了医院上线的时间和支付宝的推进速度。